सङ्घीय सरकारले प्रदेश र पालिका तथा प्रदेश सरकारले पालिकालाई वार्षिक बजेटमार्फत् छुट्याउने विभिन्न शीर्षकको अनुदान रकम आर्थिक वर्षको बीचमा कटौती हुँदा समग्र बजेट कार्यान्वयन प्रभावित भएको देखिएको छ ।
राष्ट्रपतिसमक्ष पेश भएको राष्ट्रिय प्राकृतिक स्रोत तथा वित्त आयोगको सातौँ वार्षिक प्रतिवेदनअनुसार आयोगको सिफारिस बमोजिम अनुदान नछुट्याइएको मात्र नभइ तल्लो तहमा पठाउने भनेर तोकिएको रकमसमेत आंशिक रूपमा हस्तान्तरण हुने गरेको देखिएको हो ।

यस्तो प्रवृत्तिले बजेट कार्यान्वयनमा समस्या देखिएको आयोगको वार्षिक प्रतिवेदनमा उल्लेख छ । बजेट कटौती गर्ने समस्या सङ्घ र प्रदेश दुवै सरकारमा रहेको पाइएको छ । त्यस्तै, सशर्त अनुदानतर्फ सङ्घ सरकार र प्रदेशले आयोगलाई तथ्याङ्क नै उपलब्ध नगराएको पनि प्रतिवेदनमा उल्लेख छ ।
केही पालिकाहरुले नगर विकास कोषबाट ऋण लिँदा कानुनको परिपालना नगरेको पनि आयोगले औँल्याएको छ । गएको आर्थिक वर्ष २०८१/८२ मा १६ वटा पालिकाले नगर विकास कोषबाट ३७ करोड १९ लाख ३६ हजार बराबर ऋण लिएका थिए ।

